Эрүүл мэндийн яамны эрхэм зорилго нь салбарын хэмжээнд удирдлагын болон нөөцийн үр ашгийг дээшлүүлж хүн ам, ялангуяа эрүүл мэндийн тусламж, үйлчилгээ илүү шаардлагатай хэсэг болон ядууст нотолгоонд тулгуурласан, үйлчлүүлэгчдэд ээлтэй, тэгш, чанартай тусламж, үйлчилгээ хүргэх замаар Монгол улсын нийт хүн амын эрүүл мэндийг сайжруулж, нийгэм, эдийн засгийн хөгжлийг дэмжин, ядуурлыг бууруулахад оршино.
Монгол Улсын Их Хурлын 2008 оны 11 дүгээр сарын 21-ний өдрийн 35 дугаар тогтоолоор батлагдсан Монгол Улсын Засгийн газрын үйл ажиллагааны хөтөлбөрт тусгагдсан эрүүл мэндийн бодлогын зорилт, Эрүүл мэндийн сайдын Засаг даргатай байгуулсан гэрээний заалтыг хэрэгжүүлэх зорилгоор 2009-2012 онд доорхи чиглэлээр хамтран ажиллана. Үүнд:
- Эрүүл мэндийн удирдлага, менежмент, эмчилгээний хяналтын тогтолцоог боловсронгуй болгон бэхжүүлнэ.- Хүн ам, ялангуяа өсвөр үе, залуучуудад эрүүл мэндийн боловсрол олгох арга хэлбэрийг боловсронгуй болгож, хөдөөгийн хүн амд үйлчлэх явуулын эмнэлгийн тогтолцоог бүрдүүлж, өвчнөөс урьдчилан сэргийлэх, өвчнийг эрт илрүүлэх боломжийг нэмэгдүүлнэ.- Орчны бохирдол, байгалийн болон хүний үйл ажиллагаанаас үүдэн гарах гамшиг, нийтийг хамарсан өвчлөл, хордлого, гэнэтийн аюул ослын үед үзүүлэх эмнэлгийн тусламж, үйлчилгээг боловсронгуй болгож, авах арга хэмжээг шуурхай зохион байгуулах нөөц чадавхийг бэхжүүлнэ.
- Хүн амын эрүүл мэндийн эрэлт хэрэгцээнд тулгуурласан эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажлыг өргөжүүлж, практик, үр өгөөжийг дээшлүүлнэ.- Нийтийн биеийн тамир, спортыг хөгжүүлэх бодлогыг тодорхойлж, удирдлага, зохион байгуулалт, судалгаа, шинжилгээ, эдийн засаг, санхүүгийн механизмыг боловсронгуй болгоно.- БЗДХ, ХДХВ-ийн халдвар, ДОХ-ын эрсдэлээс урьдчилан сэргийлж, ХДХВ-ийн халдвар, ДОХ-ын тархалтыг өнөөгийн түвшинд тогтоон барина. - Нийслэлийн дүүрэг бүрт усан бассейн бүхий орчин үеийн спортын цогцолбор барина. - Улаанбаатарт телемедициний төв байгуулна.